Фамилия Бакижанов — редкий случай, когда географическая привязка яснее, чем этимология. С высокой вероятностью она указывает на тюркские корни, а конкретнее — на казахскую или башкирскую среду. Суффикс -ов, типичный для русской фамильной модели, здесь присоединён к основе, которая сама по себе не является русским именем или прозвищем. Это говорит о том, что фамилия возникла в среде, где тюркское имя или прозвище было адаптировано по русскому образцу — чаще всего при переходе в христианство или при записи в документах Российской империи.

Основа «Бакижан» разлагается на две части: «Баки» и «жан». «Баки» (или «Бакы») — распространённый тюркский корень, восходящий к арабскому «баки» (вечный, постоянный). В мусульманских именах он часто встречается как часть сложного имени, например, Бакир или Абдул-Баки. Вторая часть — «жан» (душа, жизнь) — один из самых популярных компонентов в казахских, татарских и башкирских именах (например, Айжан, Гульжан, Батыржан). Соответственно, «Бакижан» можно прочитать как «вечная душа» или «живущий вечно» — имя-пожелание, типичное для тюркской антропонимии. Встречается и вариант написания «Бакиджан» — с буквой «д» перед «ж», что характерно для узбекской или уйгурской среды, но для фамилии Бакижанов более вероятен казахский или башкирский источник.

Модель образования фамилии — типичная для «инородцев» (нерусских народов) конца XIX — начала XX века. В метрических книгах или ревизских сказках тюркское имя записывали, а затем прикрепляли к нему русский суффикс принадлежности. Так появились сотни фамилий вроде Ахметов, Муратов, Бакижанов. Носители фамилии — потомки тех, кто либо принял православие, либо просто попал под российскую бюрократическую систему, где фамилии давали по имени отца. Если предок был мусульманином и не менял веру, то фамилия могла закрепиться через приписку к казачьему сословию или через торговые связи.

Встречается фамилия в основном в Казахстане и в прилегающих регионах России (Оренбургская, Астраханская области). В русских переписях она редка — это не массовая фамилия. Сословная принадлежность предков, скорее всего, недворянская: вероятнее всего, казахи-скотоводы или башкирские крестьяне, реже — купцы. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её позднее происхождение и «народный» характер.

Из-за редкости фамилии точных дат и известных носителей в открытых источниках почти нет. Единственное, что можно сказать наверняка: фамилия Бакижанов — живое свидетельство того, как тюркское имя, пройдя через русскую канцелярию, стало фамилией, сохранив в себе пожелание долгой или вечной жизни.