Фамилия Бекижанов — один из тех случаев, когда внешне славянский суффикс скрывает основу совсем из другого языка. Её ядро — имя Бекижан, которое сложилось в тюркоязычной среде, скорее всего, в Поволжье или Казахстане. Первая часть, «Бек», восходит к тюркскому титулу «бек» (князь, господин, военачальник). Вторая часть, «жан», — это персидское слово, пришедшее через тюркские языки, и означает «душа», «жизнь», а в именах часто служит ласковым обращением. Таким образом, Бекижан — это «душа-бек» или «бек-душа», составное имя с уважительным и одновременно тёплым оттенком.

Фамилию образовали по классической русской модели: к основе Бекижан прибавили суффикс принадлежности -ов, что буквально означает «сын Бекижана» или «из рода Бекижана». Такой способ — калька с русской патронимической системы — был типичен для народов, вошедших в состав Российской империи, особенно в XIX веке, когда при переписях и в официальных документах местные имена «обрусивали» с помощью суффиксов -ов/-ев.

Интересно, что фамилия сохранила полный состав имени, а не сократила его, как иногда бывало (например, Беков или Жанов). Это говорит о том, что имя Бекижан в семье было значимым, вероятно, его носил реальный предок, а не просто прозвище. Встречается фамилия преимущественно у татар, башкир и казахов, что подтверждает её происхождение из зоны смешения тюркских и персидских культурных традиций. Сословно предки Бекижановых могли быть и служилыми людьми (если «бек» указывало на знатность), и обычными крестьянами или торговцами — титульная часть имени к XIX веку нередко становилась просто данью традиции, а не указанием на реальный статус.