Фамилия Бекджанов — яркий пример тюркской антропонимии, адаптированной русской патронимической моделью. Её основа восходит к сложносоставному мужскому имени Бекджан, которое распространено у многих тюркских народов: казахов, узбеков, туркмен, каракалпаков, киргизов. Первая часть — «бек» (вождь, господин, князь), вторая — «джан» (душа, жизнь, любимый). В буквальном переводе имя Бекджан означает «господин души» или «дорогой как душа». Это типичное для Востока комплиментарное имя-пожелание, которое давали ребёнку, чтобы подчеркнуть его ценность для семьи.

Русский суффикс -ов превратил имя отца в фамилию сына: Бекджанов буквально значит «сын Бекджана». Такая модель образования — добавление -ов/-ев к основе — характерна для русских фамилий, образованных от имён, прозвищ или профессий, и в XIX–XX веках стала стандартной для оформления фамилий нерусских народов в документах Российской империи и СССР. В самой тюркской среде фамилии могли образовываться иначе (с помощью притяжательных аффиксов или вовсе отсутствовать), поэтому появление окончания -ов указывает на то, что предки носителя фамилии жили в русскоязычной административной среде — скорее всего, в Средней Азии, на Кавказе или в Поволжье.

Географически фамилия Бекджанов чаще всего встречается в Узбекистане, Казахстане, Туркменистане, а также среди выходцев из этих республик в России. Встречаются варианты написания: Бекджанов, Бекджанов, реже — с буквой «ъ» (Бекджановъ в дореволюционных записях). Ударение, как правило, падает на последний слог: Бекджано́в.

Сословная принадлежность предков могла быть разной. Имя Бекджан не обязательно указывает на знатное происхождение: «бек» в составе имени к XIX веку часто превратился просто в престижный компонент, который давали и детям простых скотоводов или ремесленников. Однако в некоторых регионах, например у туркмен или узбеков, носители фамилии могли происходить из родов, связанных с местной аристократией или духовенством. Точнее определить можно только по генеалогическим записям конкретной семьи.

Однокоренные фамилии — Бекжанов, Бекджанов, Бекджанов-оглы — встречаются у разных народов, но все они держатся на той же основе: имя Бекджан. В ономастических справочниках (например, в работах Б. Унбегауна по русским фамилиям) эта модель описывается как типичный случай русификации восточных имён через суффикс -ов. Никаких других версий происхождения (например, от географического названия или прозвища) для этой фамилии не существует — корень тюркский и прозрачный.