Фамилия Бекежанова хранит в себе тюркский след, и её разумнее всего разбирать с конечного суффикса. Форма на -ов указывает на русский способ оформления фамилии: так записывали фамилии людей, не входивших в высшее дворянство, в среде крестьян, казаков, мещан и духовенства. Но основа у фамилии тюркская, а точнее — казахская.

Корень фамилии — мужское имя Бекежан. Оно составное, что типично для тюркской антропонимии. Первая часть, «беке», — это форма от «бек» (господин, князь, знатный человек). В тюркских языках «бек» могло быть как титулом, так и частью личного имени, подчёркивающей благородство или силу. Вторая часть, «жан» (от персидского «джан»), означает «душа», «жизнь», «дорогой». Таким образом, имя Бекежан в целом означало «дорогая душа бека» или, в переносном смысле, «благородная душа».

Словообразовательная модель здесь проста: к тюркскому имени Бекежан добавили русский патронимический суффикс -ов, а затем и женское окончание -а. Изначально Бекежанов — отчество сына Бекежана. Фамилия Бекежанова — женская форма, которая закрепилась в документах как вариант для женщин.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически жили казахи и другие тюркские народы, но в силу миграций встречается и в смешанных областях Поволжья, Урала и Западной Сибири. Встречаются варианты написания с одной «н» — Бекежанова, что является орфографической ошибкой, но на слух не меняет смысла.

Версия о чисто тюркском происхождении выглядит единственной правдоподобной. Связывать фамилию с русским словом «бекеша» (род верхней одежды) — натяжка, так как «бекеша» заимствована из того же тюркского мира, а имя Бекежан имеет другую, лично-именную природу. Прозвище по одежде могло бы дать фамилию Бекешев, но не Бекежанов. Сословно носители фамилии, скорее всего, происходили из среды простых казахов или татар, адаптировавших фамилию под русское делопроизводство в XIX–XX веках.