Фамилия Бекисанова — женская форма от фамилии Бекисанов. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант, который образован по типичной русской модели с суффиксом -ов. Основа здесь — Бекисан.

Самый вероятный путь происхождения — от тюркского имени или прозвища Бекесан (или Бекисан). В нём просматриваются два корня: «бек» (князь, господин, знатный человек) и «сан» (число, почёт, или же имя Сан). В тюркских языках «бек» часто становилось частью составных имён (например, Бекмурат, Бексултан). Вторая часть могла означать «ты» (сен) или быть формой глагола «считать, почитать». Таким образом, имя Бекисан могло значить «почтенный бек» или «ты — бек» — форма обращения или прозвище, закрепившееся за человеком.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с кавказскими языками. В осетинском, например, есть слово «бекис» (бекъис) — «лягушка». Прозвище могли дать человеку с каким-то внешним сходством или особенностью, но для фамилии это редкая основа.

Фамилия Бекисанов — не массовая, ареал её бытования, скорее всего, связан с регионами, где смешивались русское и тюркское население: Поволжье, Приуралье, Северный Кавказ. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русской среде, предположительно в XVIII–XIX веках, когда крестьянам и инородцам массово давали фамилии по имени отца. В данном случае отец носителя фамилии, скорее всего, звался Бекисаном — либо по имени, либо по прозвищу. Прямых указаний на дворянское происхождение нет: фамилия не встречается в родословных книгах, а значит, предки были скорее всего из крестьян, казаков или мещан.