Фамилия Бекис — редкий случай, когда географический адрес оказывается едва ли не главнее смыслового. В русском языке она не укладывается в привычные модели на -ов, -ин или -ский, и это сразу выдаёт нерусское происхождение. Скорее всего, перед нами литовская или жемайтская фамилия, которая попала в русскую среду через территорию современной Литвы или западной Беларуси. В литовском языке Beikis или Bekis — фамилия, встречающаяся до сих пор, и её основа не имеет ничего общего с русскими корнями.

Если разбирать по словообразовательной модели, то суффикс -ис (в русской записи -ис) — типичный литовский фамильный показатель, как и -ус, -ас. Он не склоняется по русским правилам, что и объясняет неизменяемость фамилии в женском роде. В основе может лежать либо личное прозвище, либо название профессии. Самая вероятная версия: от литовского bekti — «бежать», «убегать» или «торопиться». Тогда Бекис — прозвище быстрого, непоседливого человека, бегуна. Менее популярная гипотеза связывает её с польским bekas — «бекас» (птица), но для литовской модели это звучит натянуто.

Исторически носители фамилии Бекис компактно жили в Ковенской и Виленской губерниях Российской империи, а после Первой мировой войны часть семей переселилась в центральные регионы России. По переписям начала XX века, фамилия почти не встречалась за пределами северо-западных губерний, что подтверждает её локальный, балтийский характер. В русском контексте она могла писаться через «е» или «э» (Бэкис), но в документах закрепился вариант с «е».

Сословного барьера у фамилии не было: Бекисы встречались и среди крестьян, и среди мелкой шляхты, особенно на территории бывшего Великого княжества Литовского. Найти точную дату первого упоминания сложно — литовские метрики XVIII века часто велись на польском или латыни, и фамилия могла записываться как Bekis или Bejkis. В современной России Бекис — фамилия редкая, но не исчезнувшая: несколько семей живут в Калининградской области, Москве и Санкт-Петербурге, сохраняя память о балтийских корнях.