Фамилия Бекир — редкий пример, когда фамилия почти полностью совпадает с исходным личным именем, без типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Это сразу указывает на её относительно позднее происхождение или на то, что носители фамилии не были вписаны в традиционную русскую систему патронимических фамилий, которая требовала прибавки суффикса.

Основа фамилии — мужское имя Бекир. В русском языке это имя имеет два основных источника. Первый — тюркское имя Бекир, которое восходит к арабскому Бакир (باقر) со значением «сияющий», «блистающий» или «ранний». Второй источник — славянское сокращение от православного имени Бехер (греч. Βέχερ) или, что вероятнее, от редкого крестильного имени Вакх (в честь древнегреческого бога виноделия, христианского святого). В народном произношении Вакх могло перейти в Векер, а затем в Бекир. Однако тюркская версия встречается гораздо чаще, особенно в южных и восточных регионах.

Географически фамилия Бекир распространена в Крыму, на Северном Кавказе, в Поволжье и среди крымскотатарской диаспоры. В русских документах XVIII–XIX веков её могли записать человеку, которого в быту звали просто Бекир, без отчества, если он был инородцем или казаком. В славянской среде фамилия без суффикса — признак того, что её носитель принадлежал к духовенству (где иногда оставляли имя без изменений) или к крещёным татарам, чью фамилию фиксировали по имени отца.

Примечательная деталь: в отличие от большинства русских фамилий, где ударение падает на суффикс, здесь оно всегда на последний слог — Беки́р. Это дополнительно подчёркивает нерусское происхождение основы. Если бы фамилия была образована от прозвища (например, от глагола «бекать» или слова «бекас»), она бы получила суффикс и звучала как Бекиров или Бекирин. Отсутствие суффикса — главный ключ к её этимологии.

Таким образом, предки носителя фамилии Бекир с высокой вероятностью были либо выходцами из тюркской среды (крымские татары, башкиры, ногайцы), либо, реже, представителями духовного сословия, чью фамилию записали в краткой, неславянской форме.