Фамилия Бекиров образована от личного имени Бекир — так в татарской и тюркской традициях называли мальчиков, желая им пытливого ума и глубокого знания. Имя восходит к арабскому корню со значением «изучающий, постигающий». В первую очередь подразумевалось изучение Корана и религиозных наук, поэтому имя Бекир давали в семьях, где ценили учёность и благочестие. Родители верили, что сын вырастет верующим, благородным и достойным человеком.

Модель образования фамилии простая и типичная для тюркских народов, оказавшихся в составе Российской империи: к основе Бекир добавили русский патронимический суффикс -ов. Такой способ массово закреплял фамилии за татарами, башкирами, ногайцами и другими мусульманскими народами Поволжья и Урала в XIX веке, при переписях и воинском учёте. Суффикс указывает на прямого предка: Бекиров — сын или внук Бекира.

Встречается фамилия и у крымских татар, где имя Бекир (Бекир) также было распространённым. В Крыму, как и в Поволжье, фамилия могла закрепиться в среде духовенства, торговцев или ремесленников — точных сословных границ у неё нет. Стоит отличать Бекирова от похожей фамилии Бекеров: вторая восходит к титулу «бек» (князь, господин) и имеет другую семантику, хотя на слух они близки.

В написании фамилии возможны варианты: Бекиров, Бекирова, а в старой записи — через «ѣ» (Бѣкировъ). Встречается и форма Бекир-оглы (у азербайджанцев), но в русской среде закрепился именно вариант с суффиксом -ов.