Фамилия Бакшунова — женская форма фамилии Бакшунов. Её основа, скорее всего, восходит к прозвищу Бакшун, которое могло быть образовано от глагола «бакшить» или «бакулить» — в русских говорах это означало «говорить, болтать, пустословить». Человека с таким прозвищем, вероятно, называли пустословом, говорливым или склонным к сплетням. Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ун указывает на лицо, склонное к действию, а -ов — на принадлежность потомков этому человеку.

Есть и вторая, менее вероятная версия. В некоторых диалектах «бакша» означала «лакомство» или «подарок», а «бакшить» — «давать взятку, угощать». Тогда Бакшуном могли прозвать щедрого человека или того, кто любил получать угощения. Однако первая версия — с говорливостью — встречается в ономастической литературе чаще, так как суффикс -ун в русских прозвищах почти всегда прикреплялся к глаголам речи или поведения (ср. Болтун, Крикун, Ворчун).

Фамилия редкая, встречается в основном в центральных областях России, особенно в Рязанской и Тамбовской губерниях, где были распространены говоры с глаголом «бакшить». Интересно, что ударение в фамилии плавающее: в одних семьях говорят Бакшуно́в, в других — Ба́кшунов. Второй вариант, вероятно, более старый, так как ударение на корне характерно для прозвищ, которые стали фамилиями без переосмысления (Ба́кшун → Ба́кшунов).

По социальному составу носители фамилии — в основном крестьяне и мещане. Дворянских родов с такой фамилией в официальных родословных книгах не зафиксировано. Это типичная «мирская» фамилия, данная по личному качеству предка, а не по имени или профессии.