Фамилия Бакшун — редкий пример, где суффикса нет, а есть цельная основа, и это сразу говорит о её происхождении. В русской традиции фамилии на -ун (как Говорун, Болтун, Скакун) образовывались от глаголов и называли человека по характерному действию или свойству. Бакшун, вероятнее всего, восходит к диалектному глаголу «бакшить» или «бакшать» — в южнорусских и украинских говорах это означало «говорить попусту, болтать, пустословить». Соответственно, Бакшун — прозвище болтливого, словоохотливого человека, которое затем закрепилось как фамилия.

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с тюркскими корнями. В татарском и башкирском языках «бакша» — садовник, а «бакша» в тюркских наречиях могло означать «смотрящий, надзиратель». Однако фамилия Бакшун не имеет характерного для тюркских фамилий аффикса принадлежности (например, -ов/-ев), и её окончание -ун типично именно для русской глагольной модели, что делает версию о прозвище по действию более убедительной.

Географически фамилия встречается в основном на юге России и в Украине — в Воронежской, Ростовской областях, а также в Краснодарском крае. Это совпадает с ареалом бытования диалектного слова «бакшить». В XIX веке носители фамилии записаны преимущественно как крестьяне и мещане, то есть фамилия не была дворянской и возникла в простонародной среде, где прозвища давались по живым наблюдениям за поведением.

Интересно, что фамилия Бакшун — одна из немногих, где сохранилась архаичная бессуффиксная модель. Большинство русских фамилий обросли суффиксами -ов/-ев или -ин, а здесь основа осталась «голой», что делает её ценной для лингвистов: она фиксирует живую диалектную лексику, которая почти ушла из обихода.