Фамилия Бакшева — женская форма фамилии Бакшев, и её разбор стоит начать с мужского варианта, потому что именно в нём скрыта история. Бакшев образована с помощью типичного русского суффикса -ев, который присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или шипящий. В данном случае основа — Бакш. Это прозвище или мирское имя, которое могло иметь два основных источника.

Первый и самый вероятный — тюркское слово «бакша» или «бакши». В языках народов Поволжья и Средней Азии бакшой называли писца, переписчика книг, а иногда — учителя или знахаря. В русских говорах это слово закрепилось за человеком грамотным, книжным, но необязательно духовного звания. Если предок носителя фамилии был писарем при воеводе или сельским грамотеем, прозвище Бакша могло приклеиться к нему намертво. Вторая версия — от диалектного глагола «бакшить», который в некоторых областях означал «болтать, пустословить» или, наоборот, «говорить складно, убедительно». Тогда Бакша — человек речистый, возможно, балагур или краснослов.

География фамилии Бакшев/Бакшева тяготеет к центральным и южным регионам России, но чаще встречается в бывших вотчинах, где было развито приказное делопроизводство — например, в Рязанской, Тамбовской, Нижегородской губерниях. Встречаются и варианты написания: Бокшев, Бакшин, что говорит о диалектном аканье или смешении с однокоренными прозвищами.

В ономастических справочниках фамилию Бакшев связывают с прозвищным именем Бакша, которое фиксировали ещё в XV–XVI веках. Словарь Б. Унбегауна упоминает модель образования от тюркских заимствований, характерную для служилых людей и посадских, а не для крестьян-землепашцев. Это даёт основание предполагать, что предки Бакшевых могли быть людьми «приказного чина» — дьяками, подьячими или писцами, а не холопами или пахарями. Впрочем, не исключено, что прозвище получил и мастеровой, который «бакшил» — то есть занимался ремеслом, связанным с письмом или счётом.

Таким образом, фамилия Бакшева несёт в себе отпечаток грамотности и, возможно, социального статуса выше среднего. Она не относится к числу самых распространённых, но её носительницы могут с уверенностью связывать свою родословную с людьми, умевшими обращаться с пером и чернилами — редким умением для русского Средневековья.