Фамилия Бакшина хранит память о прозвище предка — Бакша. Слово это многозначное, и у него есть как минимум три версии происхождения, каждая из которых указывает на конкретный род занятий или социальную роль.

По одной из версий, «бакша» — это тюркское название ящика или коробки для чая. В таком случае прозвище мог получить торговец чаем или человек, занятый его расфасовкой. Другая версия ведет корни к калмыцкой и киргизской среде: бакшей называли жреца, шамана, колдуна или знахаря — фигуру, совмещавшую религиозные и врачебные функции. Третья гипотеза связывает прозвище с тюркским «бакшей» (писарь) или «бакше» (дозорный), а также с бурятским «багша» (учитель). Во всех случаях основа фамилии — профессиональная, а не случайная: предок Бакшиных мог быть писарем, сторожем, лекарем или наставником.

Не исключено, что прозвище давали не по ремеслу, а по личным качествам. Бакшей в народе могли называть мудрого, опытного человека, к которому шли за советом. Со временем это именование закрепилось за родом, и потомки получили фамилию Бакшины.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Бакшин, то есть сын или потомок Бакши. Модель образования типична для русских фамилий, возникших в среде, где прозвища активно вытесняли крестильные имена. Географически фамилия встречается в Поволжье и на Урале — регионах, где веками соседствовали русские, татары, башкиры и калмыки, что объясняет тюркские и монгольские корни основы.