Фамилия Бакшинова — женская форма фамилии Бакшинов, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Бакша. В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: Бакшинов буквально означал «сын Бакши» или «человек из рода Бакши». Модель образования типична для восточнославянских фамилий, но сама основа выбивается из привычного славянского именослова.

Ключ к разгадке — слово «бакша». В тюркских языках это почтительное обращение к учителю, наставнику или писцу, а в более широком смысле — грамотей, человек, владеющий письмом. В татарском, башкирском, казахском языках «бакшы» (или «бахши») — это сказитель, народный певец, хранитель эпоса. В русских документах XVI–XVII веков нередко встречаются люди с прозвищем Бакша — чаще всего это были выходцы из татарской служилой среды или принявшие православие представители тюркской знати. Фамилия Бакшинов, таким образом, могла закрепиться за потомками грамотного человека, учителя или певца, который служил при русском дворе или в провинции.

Географически фамилия Бакшиновы (и Бакшинова) тяготеет к Поволжью и южным регионам: Астраханская область, Татарстан, Башкортостан, а также к казачьим областям — Дону и Уралу. Встречается она и на Северном Кавказе среди терских казаков, что подтверждает её «служилое» происхождение: предки могли быть толмачами, писарями или священниками, владевшими грамотой на нескольких языках.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: связь с диалектным русским словом «бакша» — так в некоторых говорах называли баклажку или тыкву-горлянку. Но прозвище по предмету утвари давали редко, а тюркская основа выглядит убедительнее и подкрепляется историческим контекстом межэтнических контактов. Так что носительница фамилии Бакшинова может с большой вероятностью считать своими предками грамотеев, учителей или народных сказителей, живших на стыке славянской и тюркской культур.