Бакшутова — женская форма фамилии Бакшутов. В её основе лежит прозвище или некалендарное имя Бакшут. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: «чей?» — Бакшутов, то есть сын или потомок Бакшута.

Само имя Бакшут — редкое и неочевидное. Оно явно восходит к тюркским корням. Наиболее вероятная версия: от тюркского «бакша» (или «бакши») — «писарь», «писец», «учитель», а в более широком смысле — «грамотей» или «сборщик податей». Слово «бакши» хорошо известно в истории Золотой Орды и более поздних татарских ханств: так называли чиновников, ведавших документацией и данью. Уменьшительно-ласкательный суффикс -ут (как в именах Тарас — Тарасут, Иван — Ванют) превращает должность или прозвище в личное имя Бакшут. То есть Бакшут — это, скорее всего, «маленький писарь» или «сын писаря».

Есть и другая, менее убедительная версия: от тюркского «бак» — «смотри», «гляди». Тогда Бакшут могло означать «смотрящий», «дозорный». Но на фоне устойчивого «бакши» с его чиновничьим значением первая гипотеза выглядит весомее.

Фамилия Бакшутов (и Бакшутова) — относительно редкая. Она встречается в Поволжье и на Урале, что подтверждает её тюркское происхождение: именно здесь веками жили русские и татары, и прозвища переходили из одного языка в другой. Носитель фамилии мог быть потомком татарского писаря или русского, который получил прозвище Бакшут за службу в приказной избе, где разбирался с документами и сборами.

В написании фамилии возможны варианты: Бакшутов и, реже, Бокшутов — через «о» в первом слоге под влиянием акающих говоров. Но закрепилась форма именно с «а», что ближе к исходному тюркскому звучанию.