Фамилия Бактакунов — редкая и композиционно сложная. Её основа, скорее всего, восходит к тюркскому составному имени или прозвищу, где первая часть «бакта» может быть вариантом слова «бакыт» (счастье, удача) или «бак» (смотри, гляди), а «кун» — это «солнце» или «день». В тюркской ономастике сложные имена с компонентом «кун» (Кунтуган, Кунбай) обозначали что-то светлое, рождённое с солнцем. Таким образом, Бактакун могло значить «смотрящий на солнце» или «счастливый день».

Разбираем суффиксальную модель. Фамилия образована по русскому патронимическому типу: к основе Бактакун прибавлен суффикс -ов, который в русском языке указывает на принадлежность («чей?» — Бактакунов). Это говорит о том, что предок носителя фамилии, скорее всего, был крещёным человеком из тюркоязычной среды (татары, башкиры, казахи, ногайцы), получившим при крещении имя или прозвище, а затем и фамилию по отцу.

Географически фамилия должна быть привязана к регионам, где исторически смешивались русское и тюркское население: Поволжье, Приуралье, юг Сибири. Встречаемость её крайне низкая, что указывает на локальное происхождение — вероятно, от одного родоначальника в конкретном селе или слободе. Сословно носители такой фамилии чаще всего были государственными или ясачными крестьянами, реже — служилыми татарами.

Интересна вариативность написания. В документах XVIII–XIX веков фамилия могла записываться как Бактакунов, Бохтакунов или даже с «х» на конце (Бактакун) — до того, как закрепился стандартный суффикс. Встречается и форма Бактакунов без смягчения «н» в основе, что характерно для русского освоения тюркских корней. Если сравнивать с однокоренными, то в Татарстане и Башкортостане известны фамилии Бактимиров, Бактыбаев — там та же основа «бакт» (счастье). Бактакунов стоит в этом ряду особняком из-за редкого второго компонента «кун», что делает её ценной для локальной генеалогии.