Фамилия Бакташева — женская форма фамилии Бакташев, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. В основе фамилии лежит тюркское мужское имя Бакташ. Оно составное: первая часть «бак» восходит к древнетюркскому слову со значением «смотреть, глядеть» или «взирать», а вторая часть «таш» означает «камень». В буквальном прочтении имя Бакташ можно перевести как «смотрящий камень» или «взирающий камень». В тюркской ономастике такие имена не редкость — они могли даваться как оберег, чтобы ребёнок рос крепким и твёрдым, подобно камню, или же как характеристика внешности (человек с неподвижным, «каменным» взглядом).

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Бакташ добавился русский патронимический суффикс -ев, что характерно для фамилий, образованных от тюркских имён, оканчивающихся на согласный. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Бакташев — сын Бакташа. Фамилия фиксируется преимущественно в регионах с исторически сильным тюркским влиянием: в Татарстане, Башкортостане, а также среди астраханских татар и ногайцев. Встречается она и в русском населении Поволжья, что объясняется многовековыми контактами славянского и тюркского миров.

Если говорить о возможных предках, то носитель имени Бакташ мог быть человеком любого сословия — от крестьянина до служилого татарина, перешедшего на русскую службу. В XVI–XVII веках многие татарские мурзы и простые воины получали поместья и записывались в дворянские списки, и их потомки нередко сохраняли тюркскую основу фамилии в русифицированной форме. В отличие, скажем, от фамилии Бакташев, её женский вариант Бакташева не несёт дополнительной смысловой нагрузки — это лишь грамматическое указание на пол.

Отдельного внимания заслуживает ударение. В русском языке фамилия Бакташева чаще произносится с ударением на второй слог: Бактáшева. Однако в тюркской среде, особенно в татарском произношении, ударение может падать на последний слог — Бакташéва. Такая разница в ударении — обычное дело для фамилий, перешедших из одного языка в другой.