Фамилия Балаганчик — редкий случай, когда фамилия образована не от имени или профессии, а от предмета, имеющего яркое культурное значение. В основе лежит слово «балаганчик» — уменьшительная форма от «балаган». В дореволюционной России балаганом называли временное деревянное строение для ярмарочных представлений, кукольных спектаклей и народных увеселений. Балаганчик — это, по сути, маленький балаган, но в переносном смысле слово могло означать нечто шумное, несерьёзное, даже суетливое.

Фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -ов/-ев, но тут он отсутствует: Балаганчик — это чистая основа, слово целиком перешло в фамилию без дополнительных окончаний. Такое встречается реже, чем «Балаганников» или «Балаганский». Обычно это указывает на то, что прозвище или профессиональное имя было дано напрямую, а фамилия закрепилась в той же форме, что и исходное слово. В русской ономастике подобные фамилии (Колокольчик, Сундучок) часто имеют «говорящий» характер — они сразу описывают носителя.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии был как-то связан с балаганом: либо сам был балаганщиком — устроителем ярмарочных представлений, актёром-скоморохом, либо владел таким строением. Второй вариант: прозвище Балаганчик могли дать человеку за его поведение — шумному, непоседливому, любящему быть в центре внимания, похожему на ярмарочное представление. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные модели описаны как типичные для прозвищ, отражающих род занятий или характер.

Географически фамилия могла возникнуть в центральных и южных губерниях России, где ярмарочная культура была особенно развита — например, в Нижегородской, Ярославской или на Украине. Однако из-за редкости фамилии точных данных о массовом бытовании нет. Встречается она и в современной России, но крайне нечасто, что делает её уникальной — носитель такой фамилии почти наверняка потомок человека, чья жизнь была связана с народным театром или ярмарочным весельем.