Фамилия Балаконенко — яркий пример украинской модели образования фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала самой массовой на Левобережной и Слободской Украине. Суффикс -енко изначально имел значение «маленький» или «сын» (ср. «козакенко» — сын казака), но к моменту закрепления фамилий он уже превратился в простой патронимический показатель, указывающий на происхождение от человека по имени или прозвищу.

Основа фамилии — прозвище Балакон. Его происхождение неочевидно, и здесь есть две основные версии. Первая связывает его с украинским диалектным словом «балакон» — говорун, пустомеля, болтун. В украинских говорах «балакати» означает «говорить, болтать», а суффикс -он мог придавать слову оттенок носителя признака. В таком случае прозвище Балакон дали человеку словоохотливому, любителю поговорить, возможно, балагур. Вторая версия, менее распространенная, но не лишенная логики: «балакон» может быть вариантом слова «балкон» (через аканье или диалектное произношение). Тогда прозвище мог получить человек, живший в доме с балконом, либо плотник, который их строил. Однако в пользу первой версии говорит то, что в украинской антропонимии прозвища от глаголов речи встречаются постоянно (Говорун, Балагур, Лепетун), а привязка к архитектурной детали для прозвища — случай более редкий.

Географически фамилия Балаконенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкасщине, Днепропетровщине. В России она встречается значительно реже, в основном в южных регионах, куда переселялись украинские крестьяне и казаки. Сословно носители фамилии относились к казачеству или крестьянству: патроним на -енко в малороссийской среде не был привилегией дворянства, в отличие от фамилий на -ский.

Таким образом, перед нами типичная украинская фамилия-прозвище: предок нынешних Балаконенко был человеком, которого в селе знали как Балакона — скорее всего, за привычку много и громко говорить.