Фамилия Балакона — редкая и неочевидная по своему корню. На первый взгляд, её можно принять за искажённую форму более известной фамилии Балакин, но суффикс -она указывает на другую модель образования. В русской ономастике фамилии на -она встречаются нечасто, и почти всегда это либо украинское или белорусское влияние, либо результат адаптации иноязычной основы.

Скорее всего, основа Балакон- восходит к прозвищу Балакон. В южных и западных говорах «балакон» — это диалектное название балкона, выступающей части дома, галереи или навеса. Прозвище могли дать плотнику, строителю или человеку, чей дом выделялся необычным балконом. Есть и вторая, менее очевидная версия: «балакон» — вариант слова «балакать» (говорить, болтать), то есть прозвище могло закрепиться за говорливым, словоохотливым человеком. В этом случае фамилия попадает в один семантический ряд с Балакиревым, Балагуровым.

Суффикс -она вместо привычного -ов или -ин не случаен. В украинской и белорусской традиции фамилии с таким окончанием (Ковальона, Бондарьона) указывают на принадлежность потомкам конкретного лица. Если фамилия Балакона действительно имеет украинские корни, то она образована по схеме: прозвище Балакон + суффикс -а (в значении «чей?»), то есть «сын того, кого звали Балакон».

Географически фамилия тяготеет к западным областям России, Украине и Беларуси. Встречаемость крайне низкая, что говорит о локальном происхождении — возможно, от конкретного прозвища в одной семье или небольшой группе поселений. В дореволюционных источниках фамилия не фиксируется, что может указывать на её позднее оформление или на то, что она оставалась в рамках устной традиции до XX века.

Никакого отношения к аристократии или известным дворянским родам фамилия не имеет. Это типичная фамилия-прозвище, закрепившаяся за человеком по его занятию или особенности речи. Единственное, что можно сказать с уверенностью: предки носителя фамилии Балакона жили в среде, где говорили на смеси русских и украинских говоров, и, вероятно, занимались строительством или отличались общительным нравом.