Фамилия Балаин — один из тех случаев, где короткая форма скрывает неочевидное происхождение. Самое простое, что приходит на ум — связь с тюркским словом «бала» (дитя, ребенок). В этом случае фамилия могла быть прозвищем младшего в семье или единственного сына. Однако окончание -ин указывает на притяжательную модель: «чей?» — Балаин, то есть «сын Балаи». Это значит, что в основе лежало личное имя или прозвище Балай, а не напрямую слово «бала».

Версия с именем Балай встречается в исторических документах. В словаре древнерусских личных имен С. Б. Веселовского упоминается Балай — распространенное некалендарное имя. Его могли дать ребенку с пожеланием здоровья или как оберег от сглаза. Фамилия Балаин, скорее всего, образовалась от такой формы имени, а не от прозвища взрослого человека. Это типичная севернорусская и восточная модель на -ин, где основа оканчивается на -а или -я: Балай → Балаин.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным глаголом «балаить» — говорить, болтать, пустословить. В некоторых говорах «балай» — говорун, балагур. Тогда фамилия могла закрепиться за человеком с такой речевой характеристикой. Но здесь мешает суффикс -ин, который обычно крепится к именам собственным, а не к нарицательным прозвищам на -ай (сравните: Говорун → Говорунов, а не Говорунин).

Географически фамилия редкая. Встречается в Поволжье, особенно в Башкортостане и Татарстане, что усиливает версию о тюркском корне. В русских переписных книгах XVII века фамилия не фиксируется — похоже, она оформилась позже, уже в XIX веке, в среде крестьянства или мещанства.

Ударение, судя по живому произношению, падает на последний слог: Балаи́н. Это тоже косвенно указывает на неисконно русскую основу — для фамилий на -ин с русскими корнями типично ударение на суффикс или на корень, но не на окончание.