Фамилия Балалайкина — классический пример «музыкальной» фамилии, в основе которой лежит прозвище Балалайка. Слово «балалайка» — имя собственное для русского народного струнного инструмента, но в народной речи оно давно стало метким прозвищем. Так могли назвать не только того, кто играл на балалайке или делал её, но и человека с весёлым, бойким нравом: «балалайкой» в говорах называли болтуна, балагура, пустого говорливого человека. Тут слышен и глагол «балакать» — болтать, калякать.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Балалайк- добавился суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Балалайки). Важно не путать: суффикс -ин пишется после основ на -а/-я, а не -ов. Поэтому фамилия звучит именно Балалайкина, а не Балалайкова. Такая форма характерна для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин особенно часты.

В отличие от многих «ремесленных» фамилий (Кузнецов, Плотников), Балалайкина может иметь двойное дно: предок мог быть и музыкантом, и просто балагуром. Оба значения в равной степени правдоподобны, и без точных генеалогических записей выбрать одно невозможно. С точки зрения словообразования фамилия редкая: однокоренные Балалаев, Балалайкин, Балалайщиков встречаются, но «Балалайкина» — женская форма, которая в документах часто закреплялась за женщинами-вдовами или дочерьми, либо передавалась по мужской линии в форме Балалайкин.

Среди известных носителей фамилии выделяется разве что литературный персонаж — «Балалайкин» из романа Салтыкова-Щедрина «Современная идиллия», где фамилия использована как говорящая для пустого болтуна. Это косвенно подтверждает, что в XIX веке прозвищное значение «говорун» было основным.