Фамилия Баланеева — вариант женской формы, а мужская, Баланеев, образована от прозвища или имени Баланей. В её основе лежит тюркский корень «балан» — слово с несколькими значениями, которое и определяет возможные версии происхождения.

В тюркских языках «балан» означает «детёныш», «малыш», а также «оленёнок» или «лосёнок». Прозвище Баланей могли дать невысокому, подвижному человеку или, напротив, ласково назвать младшего в семье. Вторая версия связана с диалектным «балан» — «рябина». В таком случае прозвище мог получить человек, живший возле рябиновой рощи, либо обладатель рыжеватых волос — по цвету ягод. Третий, более редкий вариант — от кавказского имени Балан, которое восходит к арабскому «балян» — «великий», «могучий».

Суффикс -еев указывает на русскую модель образования фамилий от основ на -ей: Баланей → Баланеев. По такой же схеме сложились фамилии Алексеев, Андреев. Географически фамилия Баланеева встречается в Поволжье, особенно в Татарстане и Башкортостане, что подтверждает её тюркские корни в русской обработке.

В отличие от более частых фамилий на -ов, форма на -еев встречается реже и зачастую указывает на более позднее оформление или на происхождение из регионов с сильным тюркским влиянием. Однокоренные фамилии — Баланов, Баланин, Баландин — имеют ту же основу, но разные суффиксы, что говорит о разной истории закрепления прозвища в документах.

Значение фамилии, скорее всего, связано с обликом или положением предка: он мог быть невысоким, младшим по возрасту или выделяться цветом волос. Точная версия зависит от местности, где фамилия закрепилась, но во всех случаях корень «балан» указывает на природную, бытовую характеристику человека, а не на его ремесло или сословие.