Фамилия Балайса — редкий пример, когда происхождение фамилии не уводит в глубины древнерусского языка, а указывает на литовские корни. В основе фамилии лежит прозвище, образованное от литовского слова balais — «боязнь, страх». Казалось бы, логично предположить, что так называли человека пугливого, всего опасающегося. Однако в народной традиции прозвища часто давались с подвохом: наградить трусливого прозвищем «Храбрец» — обычное дело. Поэтому не исключено, что Балайсой могли прозвать человека, который, наоборот, любил пугать других, наводить страх, либо того, кто сам был пугливым, но прозвище закрепилось за ним как насмешка.

Сама форма фамилии — Балайса — выбивается из привычного ряда русских фамилий на -ов, -ев или -ин. Фамилия застыла в виде чистой основы, без патронимического суффикса, что характерно для фамилий литовского происхождения или для тех, что были записаны в документах без русификации. Такое нередко встречается на западных территориях Российской империи, в тех регионах, где литовский и славянский миры веками соприкасались.

Если копнуть глубже, слово balais в литовском языке родственно глаголу balti (бледнеть, пугаться). В старых литовских говорах balas могло означать не только страх, но и нечто бледное, белесое — то есть прозвище могло относиться к внешности человека, его бледному лицу. Но эта версия менее вероятна: в основе фамилии лежит конкретное существительное «боязнь», а не прилагательное.

Искать известных носителей фамилии Балайса среди исторических личностей не приходится — фамилия редкая. Встречается она преимущественно в Литве и на северо-западе России, в Псковской и Новгородской областях, что подтверждает её западнорусские и балтийские связи.