Фамилия Балайса образована от аналогичного прозвища, которое восходит к литовскому balais, что в переводе на русский язык означает «боязнь, страх». Вероятно, таким прозвищем нарекли трусливого человека, который всего боялся, либо, наоборот, того, кто любил пугать окружающих людей.