Фамилия Балдунников — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранилось почти без изменений, но его значение сегодня почти утрачено. В отличие от большинства русских фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), эта восходит к мирскому прозвищу Балдунник. Словообразовательная модель проста: к основе Балдун- добавлен суффикс -ник (обозначающий лицо по действию или предмету), а затем типичный русский суффикс принадлежности -ов. Таким образом, Балдунников — буквально «сын Балдунника» или «потомок того, кого звали Балдунник».

Ключ к пониманию фамилии — слово «балда». В древнерусском языке и народных говорах «балда» имела два основных значения: тяжёлый молот, кувалда (инструмент для дробления камней, забивания свай) и, в переносном смысле, бестолковый, глуповатый человек. Прозвище Балдунник, скорее всего, относилось к первому, профессиональному значению. Человек, работающий с балдой — кузнец, молотобоец, камнетёс или строитель, — получал прозвище по своему орудию труда. Такая модель типична для русских фамилий: ср. Молотников, Топорников, Крючников. Версия о происхождении от личного имени Балда (в значении «глупец») менее вероятна, хотя и не исключена: в старину такие «охранительные» имена давали, чтобы отвести от ребёнка злые силы, но они редко образовывали фамилии через суффикс -ник.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России. В писцовых книгах и архивных записях XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские люди с именем или прозвищем Балда (например, Балда Иванов, крестьянин в Новгородской земле). Фамилия Балдунников — более поздняя, сформировавшаяся в среде черносошных (государственных) крестьян или мастеровых людей, где ремесленные прозвища были устойчивы и передавались по наследству. Примечательно, что в русском языке есть и другие однокоренные фамилии — Балдин, Балдов, Балдуев, — но именно форма с суффиксом -ник указывает на конкретное занятие, а не на качество характера.

Таким образом, предок Балдунниковых, по всей видимости, был не «балдой» в современном обидном смысле, а мастеровым человеком, работавшим с тяжелым инструментом — кувалдой или молотом. Фамилия — редкий пример того, как профессиональное прозвище, связанное с физическим трудом, закрепилось в языке и дошло до наших дней, сохранив в своей структуре память о давно ушедшем ремесле.