Фамилия Балекеева — женская форма фамилии Балекеев, и её происхождение стоит искать не в простом прозвище, а в этническом или географическом следе. Основа фамилии — «Балеке» или «Балека» — с высокой вероятностью восходит к древнему тюркскому имени или прозвищу.

Самая правдоподобная версия связывает корень «бал» (тюрк. «мёд», «сладкий», «ласковый») и аффикс принадлежности. В тюркских языках «балек» может означать «сладкий», «ласковый», «медовый», а также встречается как часть составных имён. В частности, у башкир и татар известно имя Балкия (с вариантом Балке), что значит «сладкая, как мёд». Фамилия Балекеева могла образоваться от имени Балке (ласкательная форма) с добавлением русского патронимического суффикса -ев. То есть Балекеев — «сын Балке», а Балекеева — его дочь или жена.

Есть и вторая, более редкая, но не менее интересная версия. В казахском языке слово «балеке» (балеке) означает «несчастье», «беда», но такое прозвище вряд ли дали бы напрямую — скорее, это могло быть охранительное имя, которое давали ребёнку, чтобы отвести от него зло (подобно русским именам Некрас, Неждан). Однако для фамилии Балекеева эта версия менее типична, так как охранительные имена обычно застывают в форме с суффиксами -ов/-ев реже, чем ласкательные.

Географически фамилия Балекеева распространена в основном среди тюркоязычных народов России и стран СНГ — башкир, татар, казахов. Встречается она и в Оренбургской области, и в Башкортостане, и в Казахстане. Это подсказывает, что предки носителей фамилии, скорее всего, были из среды кочевников или оседлых тюркских крестьян, принявших русскую фамильную модель в XIX — начале XX века.

В отличие от многих русских фамилий, образованных от названий профессий или внешних черт, Балекеева уводит нас в мир личных имён и народной этимологии, где «сладкий» и «ласковый» становились основой для родового имени.