Фамилия Баекеева — редкий случай, когда фамилия почти целиком состоит из звуков, характерных для тюркских языков, но при этом имеет русское окончание. С точки зрения словообразования, перед нами классическая русская модель: основа + суффикс -ев (вариант -ов после мягкой или шипящей основы) и окончание -а. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Баекеева — это «дочь или жена человека по имени или прозвищу Баекей».

Основа «Баекей» — это, скорее всего, сложное тюркское имя. Первая часть «Бай» в тюркских языках означает «богатый», «знатный», «господин». Вторая часть «екей» может быть уменьшительно-ласкательным суффиксом, либо восходить к слову «экей» (старший брат, уважаемый человек). Таким образом, Баекей — это «богатый уважаемый человек» или «знатный брат». Встречается и версия, что «екей» — это фонетическое искажение имени «Акей» (от «ак» — белый, чистый), тогда Баекей — «богатый и чистый».

В русских документах фамилия фиксируется в основном у народов Поволжья и Урала — татар, башкир, а также у казахов. Там, где фамилии формировались по русскому образцу, но от тюркских личных имен. Встречаются варианты написания Баикеева, Баекеев (мужской род). Носительницы фамилии — почти всегда потомки тех, чьего предка звали Баекей. Это не прозвище по ремеслу и не указание на место жительства, а чисто патронимическая фамилия, образованная от мужского имени, которое, в свою очередь, было пожеланием богатства и уважения.