Фамилия Баекесова — женская форма от Баекесов, и её разумнее всего рассматривать в мужском варианте, чтобы понять корни. Основа здесь — тюркское имя или прозвище Баекес. Оно составное: первая часть «бай» в тюркских языках означает «богатый, господин, хозяин», вторая — «кес» или «кеш» может восходить к слову со значением «человек, лицо» или к глаголу со значением «резать, отсекать». В ономастике такие конструкции нередки: «бай» даёт социальный статус, а вторая часть уточняет качество или занятие.

Скорее всего, Баекес — это прозвище или личное имя, данное человеку, которого считали «господином» или «богачом» с какой-то характерной чертой. Впрочем, есть и другая, менее вероятная версия: если вторая часть восходит к тюркскому «кеч» (поздний, запоздалый), то имя могло означать «поздно родившийся богач» — такой мотив встречается в именах-оберегах. Но первая гипотеза выглядит убедительнее, так как суффикс -ес в именах чаще указывает на деятеля или признак.

Суффикс -ов в фамилии Баекесов — классический русский патронимический формант, который добавляли к тюркским основам при адаптации в русскую культуру. Это значит, что предок носителя фамилии, скорее всего, жил в среде, где русская администрация или церковь фиксировали фамилии по отцу: «чей сын?» — «Баекесов». Географически такие фамилии распространены у народов Поволжья, Урала и Сибири, особенно у татар, башкир или казахов, где имя Байкес (в разных вариациях) встречается в исторических записях.

Интересная деталь: в некоторых диалектах тюркских языков «кес» может означать «скупой» или «жадный», что даёт неожиданный смысл — «богатый скупец». Это могло быть шутливым или ироничным прозвищем, которое закрепилось за родом. Однако без точных генеалогических записей по конкретной семье нельзя утверждать, какой из оттенков имелся в виду. Фамилия редкая, её носители в России встречаются в основном на юге Урала и в Западной Сибири, что подтверждает её тюркское происхождение.