Фамилия Баекенова — яркий пример тюркского наследия в русском ономастиконе. Её основа — мужское имя Баекен, которое в тюркских языках распадается на два компонента: «бай» (богатый, знатный, господин) и «екен» — форма глагола со значнием «сеять» или же производное от имени Екен. В целом имя трактуют как «богатый сеятель» или «знатный земледелец», что указывает на связь первых носителей с земледелием и достатком. Вторая часть фамилии, суффикс -ов (-ова), — классический русский патронимический формант, который добавляли к тюркским именам при переходе в русскую фамильную систему, особенно в XIX веке.

География фамилии тяготеет к Казахстану и регионам России с компактным проживанием казахов (Оренбургская, Астраханская области, Алтай). Встречается также вариант написания Баекенов (без конечного -а), что типично для мужской формы. В казахской среде фамилия могла закрепиться через родоплеменные связи: имя Баекен нередко давали мальчикам в честь уважаемого предка, и со временем оно стало фамильным прозвищем целого рода.

Интересно, что в отличие от многих тюркских фамилий, оканчивающихся на -ов, у Баекеновой нет распространённых однокоренных «дублёров» вроде Байкенов или Баикенов — это указывает на достаточно позднюю и локальную фиксацию фамилии. Возможно, предки носителей были не кочевниками, а оседлыми земледельцами, что для степных народов редкость и подчёркивает уникальность прозвища-основы. Фамилия не получила широкой известности за пределами региона, поэтому её носители — это, скорее всего, потомки одного конкретного рода, а не множества разрозненных семей.

Словообразовательно фамилия проста: имя Баекен + суффикс -ов. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Бае́кенова. Встречаются единичные случаи написания через дефис (Бае-Кенова), но это ошибки при паспортизации, не имеющие исторического обоснования.