Фамилия Баекесов — редкая и, судя по всему, молодая по меркам русской ономастики. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать её по частям. Основа здесь — «Баекес», а суффикс «-ов» указывает на типичную русскую патронимическую модель: «сын (или потомок) человека по имени/прозвищу Баекес».

Самая вероятная версия — тюркское происхождение. В языках тюркской группы (казахском, киргизском, башкирском) имя Байеке или Байкеш встречается. Оно состоит из двух частей: «бай» (богатый, господин, уважаемый человек) и «еке» или «кеш» (уменьшительно-ласкательный суффикс, часто обращение к старшему, «дядя», «старший брат»). Таким образом, Байеке — это примерно «уважаемый господин» или «богатый старший». Русская огласовка «Баекес» — это адаптация тюркского звучания к русскому уху, где конечное «с» могло появиться как упрощение или под влиянием других фамилий.

Менее вероятная, но возможная версия — фамилия могла возникнуть от прозвища, связанного с родом занятий. В сибирских говорах «баекать» означало «говорить, болтать, рассказывать». Тогда Баекес — это говорун, балагур. Однако такая версия слабее: прозвища в форме «Баекес» почти не встречаются в исторических документах, а суффикс «-ес» для русских прозвищ нехарактерен.

Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным тюркским влиянием — Поволжье, Урал, Южная Сибирь. Носители, скорее всего, происходят из среды крещёных татар, башкир или казахов, чьи предки получили фамилию при переходе в православие или в ходе административного учёта в XIX веке. Сословно это могли быть крестьяне или казаки — в дворянских родословных книгах фамилия не отмечена.

В написании есть одна особенность: ударение, скорее всего, падает на второй слог — Бае́кесов. Это следует из тюркской основы, где ударение обычно на корне, а не на суффиксе. Если бы ударение было на «е» в конце основы (Баеке́сов), это указывало бы на иной, более поздний вариант произношения.

Фамилия Баекесов — пример того, как тюркское личное имя, пройдя через русскую патронимическую форму, стало фамилией. В ней нет сложной дворянской истории, но есть чёткая связь с кочевой культурой и системой уважительных обращений.