Фамилия Баекенов — яркий пример антропонимики, сформированной на стыке тюркских языков и русской словообразовательной модели. Её основа, скорее всего, происходит от мужского имени Баекен, которое, в свою очередь, является сложносоставным. Первая часть «Бай» в тюркских языках означает «богатый», «знатный», «господин», а вторая — «кен» или «кен» может восходить к слову «кен» (широкий, просторный) или же быть усеченной формой от «кенже» (младший, последний ребенок). Таким образом, имя Баекен могло означать «богатый и широкий» или, что более вероятно в контексте личных имен, «знатный младший сын». Встречается также версия, что «кен» — это вариант имени «Кенес» (совет, согласие), тогда значение смещается к «богатому совету».

Суффикс «-ов» в окончании фамилии — классический русский патронимический формант, указывающий на принадлежность. В данном случае он присоединился к тюркской основе по той же схеме, что и к славянским именам: Баекенов — это «сын Баекена». Фамилия закрепилась в XIX—XX веках, когда у многих народов Российской империи, включая казахов, татар, башкир и другие тюркоязычные группы, начался массовый переход к фамилиям по русскому образцу.

Географически фамилия Баекенов наиболее распространена в Казахстане и среди казахской диаспоры, а также встречается в Оренбургской, Астраханской областях России, где исторически сильны тюркские этнические связи. Встречается вариант написания с одной «н» — Баекенов — но это скорее орфографическая ошибка, так как корень «кен» в фамилиях обычно сохраняет двойную «н» при присоединении русского суффикса.

Предки носителя фамилии, вероятно, были кочевниками-скотоводами или жителями аулов, где имя Баекен давалось либо как пожелание богатства и широты души, либо как указание на статус младшего сына в знатной семье. Социальный контекст фамилии не указывает на дворянское происхождение — это типичная народная фамилия, образованная от личного имени, которое не было каноническим, а бытовало в устной традиции. Интересно, что фамилия Баекенов стоит в одном ряду с такими однокоренными, как Баекеев, Баеков, где суффиксы «-ев» и «-ов» закрепляют разные варианты исходного имени.