Фамилия Балкенов — одна из тех, где на первый взгляд всё ясно, а при ближайшем рассмотрении начинаются вопросы. Основа «Балкен» не встречается в списке распространённых русских имён или прозвищ, поэтому ключ к разгадке лежит не в славянской, а в тюркской лексике.

Самый вероятный источник — тюркское слово «балкан» или «балкон», которое в разных диалектах означает «болотистая местность», «топь» или «грязное место». В казахском и башкирском языках «балкаш» — это топь, грязь, а «балкан» может быть вариантом того же корня. Человек мог получить прозвище Балкен по месту жительства — у болота, на топком берегу реки. Также не исключено, что в основе лежит диалектное «балка» — овраг, лощина, и тогда Балкен — житель у балки, с характерным для тюркских языков суффиксом -кен, который часто придаёт слову уменьшительный или определительный оттенок.

Суффикс -ов в фамилии Балкенов — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «сын Балкена». Это значит, что фамилия возникла в среде, где тюркское прозвище попало в русскую официальную систему именования. Чаще всего такое происходило в XVI–XVII веках в районах смешанного населения — на Южном Урале, в Поволжье, в Западной Сибири, где русские служилые люди и казаки контактировали с башкирами, татарами, казахами.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с немецкой фамилией Balken или голландской Balk, означающими «балка», «бревно». В таком случае Балкенов — русифицированная форма фамилии переселенца-ремесленника (плотника, строителя), появившаяся в России в XVIII–XIX веках. Однако для этой гипотезы нет массовых подтверждений, и она уступает тюркской по географической распространённости.

Фамилия редкая, не входит в сотни самых частых русских фамилий. Её носители встречаются в основном в Оренбургской, Челябинской областях и в Башкортостане — как раз в тех местах, где тюркские прозвища легко становились русскими фамилиями. Сословного барьера у Балкеновых не было: предки могли быть и крестьянами, и казаками, и мелкими служилыми людьми.