Фамилия Бакенова — женская форма фамилии Бакенов, и её происхождение напрямую связано с мужской основой. Чтобы понять корни, нужно разобраться, откуда взялся Бакен. Самая вероятная версия — от тюркского имени или прозвища Бакен. В казахском и других тюркских языках «бакен» может означать «смотрящий», «наблюдатель» или происходить от имени Бакы (с ударением на последний слог) — варианта арабского имени Баки, что значит «вечный», «бессмертный». Суффикс -ов указывает на принадлежность: Бакенов буквально — «сын Бакена».

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с русским словом «бакен» — навигационный знак на воде. В этом случае прозвище Бакен мог получить человек, живший у реки или работавший на судоходстве — например, лоцман или бакенщик. Однако такая трактовка менее правдоподобна: фамилии с корнем «бакен» в значении «буй» встречаются редко и чаще в северных регионах России, тогда как тюркская основа типична для Поволжья, Урала и южных степей.

Географически фамилия Бакенова распространена в основном среди народов, говорящих на тюркских языках, — казахов, татар, башкир. Встречается она и у русских, но, скорее всего, как результат межэтнических браков или адаптации тюркской фамилии. По сословной принадлежности предки Бакеновых могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми — в тюркской среде фамилии часто давали по отцу, независимо от социального статуса.

С точки зрения словообразования, фамилия простая и прозрачная: основа Бакен + патронимический суффикс -ов. Ударение, скорее всего, падает на первый слог — Бакенов, хотя в тюркских языках возможен вариант с ударением на последний. В русском языке закрепился первый вариант. Фамилия не имеет вариантов написания с мягким знаком или двойными согласными — она устойчива и легко узнаваема.