Фамилия Бабенова — женская форма фамилии Бабенов, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. Бабенов построена по простой и распространённой модели: к основе «Бабен» добавили типичный русский фамильный суффикс -ов. Этот суффикс, по сути, притяжательный, он отвечает на вопрос «чей?», то есть Бабенов — «сын Бабена» или «человек из рода Бабена».

Основа «Бабен» — это, скорее всего, краткая форма от имени или прозвища. Тут есть две основные версии, и первая выглядит убедительнее. Исходным могло быть прозвище Баба — в древнерусском языке это слово означало не только женщину, но и «бабушку», «повитуху», а также могло относиться к мужчине женоподобного вида или поведения. От прозвища Баба образовали уменьшительную форму Бабеня (как Ваня от Иван) или Бабен (с суффиксом -ен, характерным для кратких форм). Таким образом, Бабен — это «маленький Баба» или «сын Бабы». Фамилия фиксирует прозвище предка, которое могло быть дано по внешности, характеру или роду занятий.

Вторая, менее вероятная, версия — происхождение от женского имени Бабена. В дохристианской Руси встречались женские имена, образованные от нарицательных слов, и Бабена могло быть таким именем. Однако фамилии на -ов чаще образовывались от мужских прозвищ и имён, поэтому основная гипотеза о происхождении от прозвища Бабеня или Бабен надёжнее.

Фамилия Бабенов — довольно редкая. По данным переписей, она встречается в основном в центральных областях России, а также в Поволжье. В некоторых говорах слово «бабеня» имело ироничный оттенок — так могли называть излишне заботливого или суетливого мужчину. То есть предок носителя фамилии мог быть человеком незлобивым, но с заметной особенностью, за которую его прозвали в деревне. В целом, Бабеновы — это потомки человека, чьё прозвище или имя было связано с корнем «баб-», что указывает на бытовую, незнатную среду происхождения.