Фамилия Бабеева — женская форма, в основе которой лежит мужское прозвище Бабей. В русской и украинской традиции такие фамилии на -ев образовывались от прозвищ, оканчивающихся на мягкий согласный или -й. Слово «бабей» многозначно, и чтобы понять, какое значение имелось в виду, нужно разобраться в контексте.

Самая вероятная версия связывает прозвище Бабей с украинским словом «баба» — так называли тяжёлый подвесной молот для забивки свай. В этом случае Бабеем могли прозвать человека рослого, физически мощного, с сильной волей — того, чья работа требовала недюжинной силы. Параллельно в украинских говорах «баба» — это и сорт крупных груш, и вид печенья, но эти значения скорее бытовые и вряд ли легли в основу прозвища для взрослого мужчины.

Есть и другая, менее распространённая версия: Бабей — это ласкательное обращение к бабушке или пожилой женщине. Тогда прозвище мог получить воспитанник бабушки, её любимец, которого так называли в семье. Однако такие прозвища обычно закреплялись за детьми и реже переходили во взрослую фамилию.

Фамилия Бабеева — яркий пример того, как одно прозвище могло нести в себе и указание на профессию (кузнечное дело, строительство), и характеристику внешности. Встречается она преимущественно в южнорусских и украинских регионах, где слово «баба» в значении «молот» было в ходу.