Фамилия Бабеева образована от прозвища Бабей. Оно, по одной из версий, ведет свое начало от украинского нарицательного «баба» - «тяжелый подвесной молот для забивки свай», «род печенья из пшеничной муки», «род больших груш». Поэтому не исключено, что прозвище Бабей призвано было подчеркнуть высокий рост, физическую мощь, настойчивость, силу воли предка. Возможно также, что прозвище Бабей происходит от ласкательного обращения к бабушке или вообще к пожилой женщине. В таком случае Бабеем называли воспитанника бабушки или ее любимца. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Бабей, со временем получил фамилию Бабеева.