Фамилия Бабеев чаще всего происходит от украинского прозвища или фамилии Бабей (Бабий). Когда носитель такой фамилии попадал в русскую среду, его могли записать по стандартной русской модели — с суффиксом -ев, то есть «чей?» — Бабеев. Само прозвище Бабей в украинском языке многозначно. «Баба» — это не только женщина, но и тяжёлый молот для забивки свай, особый вид печенья из пшеничной муки, а также сорт крупных груш. Поэтому предок мог быть строителем, пекарем или садоводом — прозвище указывало на его профессию. Есть и бытовая версия: так могли назвать человека, выросшего в доме у бабы, то есть у женщины, — в неполной семье.

Существует и топонимическая версия. На юге Украины есть река Бабей (приток Сараты), а также был населённый пункт Бабей (ныне станица Константиновская). Выходец оттуда мог получить прозвище по месту жительства, а его дети уже стали Бабеевыми. Обе версии не противоречат друг другу: фамилия могла возникнуть в разных родах независимо.