Фамилия Бабеев может быть образована от названия украинской реки Бабей, притока реки Сараты, или от названия городка Бабей (ныне — станица Константиновская). Таким образом, основатель рода Бабеевых мог быть выходцем из Бабея или с берегов реки Бабей. По другой версии, фамилия Бабеев представляет собой вариант украинской фамилии Бабей (Бабий), адаптированной русскими. В свою очередь фамилия Бабий образована от аналогичного прозвища. Оно же, по одной из версий, ведет начало от украинского нарицательного «баба» - «тяжелый подвесной молот для забивки свай», «род печенья из пшеничной муки», «род больших груш». Вероятно, прозвище Бабий относится к числу «профессиональных» именований, то есть указывает на род деятельности предка: он мог быть строителем, пекарем или же садоводом. Возможно также, что прозвище Бабий указывает на социальный статус предка: возможно, он был воспитан в неполной семье, то есть вырос в доме некой бабы (так на Украине в старину называли женщину). Так и прозвище Бабий (Бабей) закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Бабеев. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Бабей, со временем получил фамилию Бабеев.