Фамилия Бабенцев — редкий пример, где суффикс -ев присоединился не к прямому прозвищу, а к уже готовой фамилии на -енко. В основе лежит имя или прозвище Баба (от «бабушка» или «баба» в значении «женщина»), но путь образования не такой прямой, как у Бабкина или Бабина.

Словообразовательная цепочка выглядит так: сначала от имени Баба образовали украинскую или южнорусскую фамилию Бабенко (суффикс -енко означает «сын» или «потомок»). Затем, когда носитель такой фамилии переселился в великорусские земли, её русифицировали по модели «чей?»: Бабенко → Бабенцев. То есть Бабенцевы — это «дети Бабенко», а не напрямую «дети Бабы». Такая модель характерна для XVII–XVIII веков, когда выходцы с Украины и юга России оседали в центральных и северных областях, и их фамилии адаптировали под местную грамматику.

Суффикс -ев (а не -ов) указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий или шипящий звук: в исходной фамилии Бабенко конечное -о отбросили, а оставшуюся часть «Бабенк-» оформили притяжательным суффиксом. Сравните: Полозенко → Полозенцев, Коваленко → Коваленцев. Встречается и параллельная форма Бабенков, но Бабенцев — более редкий и точный вариант, сохранивший след украинского происхождения.

Географически фамилия тяготеет к регионам, куда шла миграция из Малороссии: Курская, Воронежская, Белгородская области, а также восточные районы Украины. В переписных книгах XVII века Бабенцевы не зафиксированы — фамилия сложилась позже, в эпоху массового учёта населения при Екатерине II и в XIX веке.

Возможна и вторая, менее вероятная версия: отчество от прозвища Бабенец (житель села или местности с названием Бабенцы). Такие топонимы встречаются в Беларуси и на западе России, но для фамилии Бабенцев эта гипотеза слабее — суффикс -ец в основе редко превращается в -цев без промежуточной формы.

Что касается значения корня, то прозвище Баба могло даваться мужчине за мягкий характер, за работу в женском коллективе или, напротив, за любовь к сплетням. В старину это было не оскорблением, а бытовой характеристикой. Но носитель фамилии Бабенцев может считать себя потомком человека, которого называли Бабой, а его сына — уже официально записали как Бабенко, и лишь затем фамилия приобрела современное окончание.