Фамилия Бабенина — женская форма фамилии Бабенин, и её происхождение связано напрямую с мужским прозвищем или именем Бабеня. В отличие от более распространённых фамилий на -ов/-ев, модель на -ин указывает на принадлежность: Бабенин буквально значит «чей?» — сын или потомок Бабени. Это типичная северная и центральнорусская модель, распространённая там, где в ходу были краткие притяжательные прилагательные.

Основа «бабеня» в русских говорах могла означать несколько вещей. Самое очевидное — производное от «баба»: так могли назвать изнеженного мужчину, маменькиного сынка, или, наоборот, человека, который постоянно находится среди женщин (например, повитуху-мужчину или вдовца с кучей дочерей). В некоторых диалектах Вологодчины и Архангельской области «бабеня» — это ещё и прозвище для любителя сплетен или пересудов. Вторая, менее очевидная версия — от канонического имени Вавила (в просторечии Бавила, Бабеня): в таком случае фамилия восходит к церковному имени, но в сильно искажённой народной форме.

Интересно, что фамилия Бабенин встречается в писцовых книгах XVI–XVII веков по Новгородской и Вятской землям. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминается крестьянин Бабеня из Обонежской пятины (около 1500 года) — это одно из ранних свидетельств бытования прозвища. Сословно предки Бабениных, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми: фамилия не дворянская, не книжная, а именно прозвищная, из живой речи.

С точки зрения словообразования, суффикс -ин здесь не уменьшительный, а посессивный: Бабеня + -ин. Если бы фамилия образовалась от полной формы типа «Бабен», она звучала бы как Бабенов, но этого не произошло. Редкость суффикса -ин при основе на -еня выдаёт раннее закрепление фамилии — ещё до того, как -ов стал универсальным патронимическим суффиксом. Сегодня Бабенины встречаются в основном в Кировской, Нижегородской и Московской областях, что подтверждает историческую привязку к Вятке и северо-западу.