Фамилия Бабенская — редкий случай, когда женская форма фамилии закрепилась в качестве основной и не воспринимается как исключение. Чаще всего такие фамилии на -ская принадлежали дворянским родам или формировались по географическому принципу, но здесь история сложнее.

Основа фамилии — Бабен(а) или Бабенко. Если отталкиваться от модели с суффиксом -ск-, то Бабенская — это притяжательное прилагательное от названия места: села Бабенки, Бабенино или урочища Бабенка. Такие топонимы были распространены в центральной России и на Украине, особенно в Черниговской и Полтавской губерниях. Человек, переселившийся оттуда, получал прозвище «Бабенский» — то есть выходец из Бабенок. Со временем это прозвище становилось фамилией, а окончание -ая указывало на женскую линию или на то, что фамилия закрепилась за женщиной как главой семьи (например, вдовой, владелицей хозяйства).

Вторая версия, менее географическая, но более бытовая: основа «бабеня» или «бабена» — в русских говорах так называли женщину, склонную к сплетням, или, наоборот, заботливую бабушку-няньку. В этом случае фамилия образована от прозвища Бабеня через суффикс -ск-, что встречается реже, но не исключено. Суффикс -ск- здесь не столько указывает на принадлежность, сколько оформляет фамилию по модели, типичной для польской или украинской шляхты, — отсюда возможная связь с польскими корнями.

Примечательно, что фамилия Бабенская почти не встречается в мужском варианте Бабенский в современных справочниках. Это говорит о том, что она могла закрепиться в форме женского рода из-за особенностей местной традиции: в некоторых регионах (например, в Сибири или на юге России) детей записывали по матери, особенно если отец был неизвестен или умер. Таким образом, предки Бабенских могли быть крестьянами или мещанами, а не дворянами, несмотря на «благородное» окончание.

Однокоренные фамилии — Бабенко, Бабенков, Бабенский — распространены шире. Бабенская стоит особняком: она сохранила редкую для русского языка форму, которая сразу выдает либо конкретное географическое происхождение, либо социальный контекст, где женщина была ключевой фигурой в роду.