Фамилия Бабенцева — женская форма от мужской Бабенцев, и её основа та же, что у более известных Бабенко, Бабичев, Бабин. Все они восходят к прозвищу или имени Баба, но не в современном бытовом смысле, а в древнерусском, где «баба» означала не только женщину, но и повитуху, знахарку, а в некоторых говорах — отца или деда (редкое, но зафиксированное диалектное значение). Словообразовательная модель здесь редкая: суффикс -енц- (с последующим -ев) встречается в русских фамилиях нечасто. Обычно он указывает на принадлежность к определённой группе или местности, как в фамилиях Донцов, Копейкинцев. В случае Бабенцев суффикс -енц- мог означать «сын Бабы» или «потомок того, кого звали Баба», причём не в прямом, а в прозвищном смысле — например, человека, который помогал при родах, лечил заговорами или просто имел мягкий, женственный характер.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, особенно к Курской, Воронежской, Белгородской областям. Там прозвище Баба было распространено как мирское имя, данное для защиты от сглаза, или как указание на профессию — бабка-повитуха. Фамилии с суффиксом -енцев/енцева часто возникали в среде однодворцев и казаков, где именование по отцу или роду занятий было особенно устойчивым. Таким образом, предок носительницы фамилии мог быть либо знахарем, либо человеком, чей отец носил прозвище Баба.

В написании фамилии нет вариантов — только через «е» в корне, что отличает её от возможных однокоренных Бабенцов (с ударением на первый слог) или Бабинцев. Ударение в современном русском языке падает на второй слог: Бабе́нцева. Если сравнивать с фамилией Бабенко, то Бабенцева — более редкая и локальная форма, не вышедшая за пределы среднерусской полосы. В дореволюционных метрических книгах она встречается в основном у крестьян и мещан, без дворянского корня.