Фамилия Бабинцева — женская форма фамилии Бабинцев. Её основа — прозвище Бабинец, которое, скорее всего, указывает на географическое происхождение человека. В основе лежит топоним Бабинцы — посёлок городского типа в Бородянском районе Киевской области Украины. Посёлок расположен в семи километрах от железнодорожной станции Клавдиево; по данным 1968 года его население составляло 3,6 тысячи человек. Местные жители занимались добычей торфа, в посёлке работал стеклотарный завод.

Словообразовательная модель здесь простая: суффикс -ец в прозвище Бабинец типичен для названий жителей по месту жительства («бабинец» — «житель Бабинцев»). Затем к основе добавился патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («сын Бабинца»), а в женском варианте — окончание -а. Таким образом, предок обладательницы фамилии Бабинцева, вероятно, был уроженцем этого населённого пункта либо долгое время там проживал.

Интересно, что фамилия Бабинцев и её варианты встречаются не только в украинских, но и в русских землях. Это связано с тем, что название «Бабинцы» не единично: одноимённые сёла и хутора есть в Беларуси, Польше и на юге России. Поэтому возможна и вторая версия: прозвище могли дать человеку, приехавшему из любого места с таким названием, а не обязательно из киевского посёлка.

В ономастике суффикс -инцев/-ынцев встречается реже, чем -овцев, и обычно указывает на более позднее образование фамилии — скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда крестьянам массово присваивали фамилии по месту выхода. В отличие от дворянских фамилий, Бабинцевы почти наверняка принадлежали к крестьянскому или мещанскому сословию.