Фамилия Бабено — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Сразу бросается в глаза, что она не вписывается в типичные модели русских фамилий на -ов, -ин или -ский. Перед нами, скорее всего, украинская или белорусская фамилия, образованная по модели, распространённой в этих регионах.

Основной вопрос — что скрывается за основой «Бабен». Самое простое объяснение: отчество от прозвища или имени Бабеня. В украинском и белорусском языках слово «бабеня» (или «бабеня») могло означать «бабник», «ухажёр» или, в ироничном ключе, «изнеженный мужчина», «маменькин сынок». Суффикс -ен- в этом случае указывает на принадлежность: «чей?» — Бабенов, то есть сын или потомок человека по прозвищу Бабеня. Со временем конечное -ов могло отпасть или редуцироваться до -о, что часто встречается в украинских фамилиях (сравните: Коваленко, Гриценко, где -енко — патронимический суффикс, а здесь — просто -ено).

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «бабено» (уменьшительное от «баба» в значении «женщина», «старуха»). В некоторых говорах так могли называть женщину, занимавшуюся повитушеством (бабкой-повитухой), или просто дать прозвище по характеру. Но тогда фамилия должна была бы звучать как Бабенин (чей? — бабенин), а не Бабено.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи — Украине, Беларуси, а также к югу России, где украинское влияние сильно. Встречается она крайне редко, что говорит о локальном, возможно, даже однодворческом происхождении: предки могли быть выходцами из одного села или хутора.

Если отбросить сомнительные гипотезы (например, о связи с итальянским «babbeo» — «простак», что для русской почвы искусственно), то основная версия остаётся прозвищной, связанной с характером или родом занятий. Носитель фамилии Бабено, скорее всего, потомок человека, которого в округе называли Бабеней — не то чтобы ласково, но метко.