Фамилия Бабенков — наглядный пример того, как фамилия меняла «прописку» и форму. В основе лежит прозвище Баба — слово ёмкое и многозначное. В народе так могли назвать человека, которого воспитала бабушка или просто некая крестьянка («баба» в просторечии). На юге Руси, в степной зоне, у слова было и другое значение — «каменный истукан» возле древних курганов, так что прозвище могло относиться к человеку крепкому, грубоватому или молчаливому, похожему на изваяние.

Самый надёжный ключ к происхождению — суффикс -енко. В украинской и белорусской традиции он указывал на сына или потомка: Бабенко — буквально «сын Бабы». Значит, фамилия зародилась именно на территории современной Украины или Белоруссии, где такие модели образования были основными. Позже, когда носители фамилии переселились в великорусские губернии, фамилию «обрусели»: к украинской основе Бабенко добавили типичный русский суффикс -ов, получив Бабенков. Такой переход — не редкость: переселенцев записывали по привычной для местной администрации модели.

В отличие от фамилий вроде Бабкин или Бабурин, которые образованы напрямую от «баба» с помощью русского суффикса принадлежности, Бабенков хранит память о южном корне и миграции рода. Встречается фамилия преимущественно в центральных и южных областях России, а также в восточных регионах Украины, что подтверждает её «пограничную» историю.