Фамилия Бабенковы — это русифицированная форма украинской или белорусской фамилии Бабенко. Её основа — прозвище Баба, а суффикс -енко (уменьшительный, патронимический) указывает на то, что предка звали «Бабенко», то есть «маленький Баба», «сын или потомок Бабы». Когда носитель такой фамилии переселился в великорусские земли, фамилию адаптировали к местной модели, добавив типичный русский суффикс -ов. Так Бабенко стал Бабенковым.

Что могло означать само прозвище Баба? Самая очевидная версия — человека, которого воспитала бабушка или просто некая крестьянка (в просторечии «баба»). Однако есть и другой, менее известный вариант. На юге России и Украины словом «баба» называли каменные грубые изваяния (каменные бабы), которые ставили возле древних курганов. Если предок жил в местности, где такие истуканы были распространены, прозвище могло закрепиться за строителем или резчиком по камню. Впрочем, бытовая версия — по родству или свойству — выглядит более вероятной для столь распространённого слова.

Важно, что фамилия Бабенковы прошла два этапа формирования. Сначала, на территории современной Украины или Белоруссии, сложилась фамилия Бабенко (характерный суффикс -енко указывает на «малого» или «сына»). Затем, уже в России, к ней добавили суффикс -ов, чтобы вписать в привычную русскую модель склонения. О точном времени этого перехода говорить сложно — процесс русификации фамилий был длительным и неоднородным. Тем не менее, сама фамилия Бабенковы — яркий памятник славянской письменности и культуры, соединивший в себе южную основу и северную форму.