Фамилия Бакенов образована от прозвища Бакен, которое восходит к аналогичному нарицательному, имеющему значение «плавучий знак, устанавливаемый на якоре для обозначения навигационных опасностей на пути следования судов». Вероятно, таким прозвищем нарекли человека, занимающегося изготовлением бакенов, либо моряка. Согласно другой версии, в основу прозвища легло другое значение этого нарицательного - «род бочки разного вида». В этом случае так могли прозвать человека, занимающегося изготовлением и продажей бочек, либо винодела. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Бакен получил фамилию Бакенов.