Фамилия Байкенов образована от прозвища или неканонического имени Байкен. В её основе лежит русский глагол «байкать», который в диалектах и старой речи означал «говорить, болтать, беседовать, рассказывать». Человека, который любил поговорить или славился умением вести беседу, могли прозвать Байкеном. Такая модель — отглагольное прозвище с суффиксом -ен — встречается в русской ономастике, хоть и не так часто, как фамилии на -ов/-ев от имён на -а или -я.

Есть и вторая, менее очевидная версия, которую стоит упомянуть из-за её необычности. Слово «байка» известно как название мягкой, толстой и ворсистой шерстяной ткани, которую в России называли «английской». Если прозвище Байкен восходит к этому слову, то его мог получить либо продавец такой ткани, либо человек, носивший одежду из неё, — своего рода прозвище по роду занятий или внешней примете. Но эта версия слабее первой: суффикс -ен редко образует прозвища от названий предметов, чаще — от глаголов или личных имён.

Фамилия Байкенов — типичная русская патронимическая фамилия по модели «прозвище + -ов». Она означает «потомок Байкена». С точки зрения географии, фамилия редкая и не имеет ярко выраженного регионального центра, что характерно для прозвищ, возникших в среде крестьян или посадских людей в XVII–XIX веках. Сословной привязки у неё нет: Байкеновыми могли быть и крестьяне, и мещане, и купцы — фамилию давали по прозвищу, а не по социальному статусу.

Интересно, что однокоренные фамилии — Байков, Байкин, Байкович — встречаются чаще, но Байкенов стоит особняком из-за редкого суффикса -ен. Это позволяет предположить, что исходное прозвище было не просто «Байка» (откуда пошли Байковы), а именно «Байкен» — возможно, с уменьшительным или ласкательным оттенком. В некоторых говорах суффикс -ен добавляли к основам на -к для смягчения: Байкен — это не столько «болтун», сколько «говорунчик», человек, с которым приятно поговорить.