Фамилия Байкеева, скорее всего, женская форма от Байкеев, а та, в свою очередь, образована от мужского личного имени или прозвища Байкей. Основа здесь — тюркское слово «бай», которое означает «богатый», «господин», «хозяин», а в составе имени часто служило пожеланием богатства и знатности. Вторая часть «кей» может быть вариантом слова «кий» (как в именах Абакей, Еркей) или же уменьшительно-ласкательным аффиксом. Таким образом, Байкей — это «маленький богач» или «господинчик», но не в уничижительном, а скорее в ласкательном смысле, как домашнее прозвище.

Словообразовательная модель фамилии типична для многих народов Поволжья и Урала: к основе на -й добавляется русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких и шипящих). Поэтому фамилия Байкеев легко встраивается в ряд татарских, башкирских или казахских фамилий, адаптированных к русской грамматике. Если бы фамилия была исконно русской, мы бы ожидали суффикс -ин, но здесь именно -ев, что указывает на иноязычное происхождение основы.

Географически фамилия чаще встречается в регионах с тюркским населением: в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях. Носители фамилии могли быть потомками служилых татар, башкирских вотчинников или казахов, перешедших в русское подданство и получивших фамилию по отцу. В некоторых случаях возможна и калмыцкая версия: у калмыков имя Байкей (Байки) также известно, и суффикс -ев здесь — результат русификации калмыцких фамилий.

Отдельно стоит сказать о возможной связи с топонимом. В Башкортостане есть деревня Байкеево (в Салаватском районе), и фамилия могла произойти от названия населённого пункта, хотя чаще бывает наоборот: деревню называют по имени первопоселенца. В любом случае, корень остаётся тем же — тюркское «бай» с ласкательным окончанием.

Несмотря на внешнюю простоту, фамилия содержит в себе указание на социальный статус предка: Байкей — это не просто имя, а прозвище, которое давали ребёнку в надежде на его будущую состоятельность или в насмешку над бедняком, которого в шутку величали «господином». Впрочем, в тюркской ономастике такие имена чаще были добрыми пожеланиями, а не иронией.