Фамилия Байкеев — редкий случай, когда основа, скорее всего, тюркская, а суффикс — исконно русский, но с изюминкой. Если бы фамилия оканчивалась на -ов, она бы звучала как Байкеев, но мы видим -ев, что указывает на основу, завершающуюся на мягкий согласный или йот. В данном случае основа — «Байкей», где конечный звук [й] и дал суффикс -ев, а не -ов.

Корень «бай» в тюркских языках означает «богатый», «господин», «хозяин». Вторая часть «кей» или «кый» может восходить к слову «кый» (решительный, смелый) или к имени Кей, распространённому у тюркских народов. Таким образом, Байкей — это составное имя-прозвище: «богатый и смелый» или «господин Кей». Такие двухосновные имена были типичны для татар, башкир, казахов и других тюркских народов Поволжья и Урала.

Географически фамилия Байкеев привязана к регионам расселения казанских татар и башкир: Татарстан, Башкортостан, а также Оренбургская и Челябинская области. Встречаемость фамилии низкая, что говорит о её происхождении от конкретного родоначальника, а не от массового прозвища. В XIX веке носители фамилии, вероятно, были из сословия государственных крестьян или тептярей (сословие, близкое к башкирам, но платившее оброк), реже — из служилых татар.

Отдельного внимания заслуживает то, что в русских документах фамилия могла записываться по-разному: Байкеев, Байкеев, Байкейев. Вариант с двумя «е» (Байкеев) — результат адаптации тюркского произношения к русской графике, где долгий гласный или стечение звуков передаётся через «ее». Это не ошибка, а нормальная фонетическая запись, закрепившаяся в метрических книгах.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Байкеев стоит в одном ряду с Байковым (от «бай» без второго компонента) и Байкиным (от Байка — уменьшительное имя). Но Байкеев — более редкая и сложная по составу форма, сохранившая полное двухчастное имя предка.