Фамилия Баякенов — редкий случай, когда тюркская основа и русский суффикс сплелись в форму, которая сбивает с толку даже опытных этимологов. Если отсечь патронимический суффикс -ов (указывающий на принадлежность: «чей?» — Баякенов), остаётся основа Баякен. Вот с ней и начинается главная загадка.

Самый вероятный путь — перед нами фамилия, образованная от личного имени Баякен. В казахском и других тюркских языках имя легко разложить на две части: «Бай» (богатый, знатный, господин) и «кен» (широкий, просторный, а в некоторых диалектах — руда, ископаемое, или же уменьшительно-ласкательный аффикс). Таким образом, Баякен можно перевести как «богатый простор» или, если принять вариант с аффиксом, как «Бай» (с ласковым оттенком). Человек с таким именем, скорее всего, происходил из зажиточной или уважаемой семьи, либо же ему желали богатства и широкой жизни.

Вторая версия, менее популярная, но имеющая право на существование, — что Баякен — это не имя, а прозвище. В тюркской среде «баякен» могли назвать человека, который постоянно копается в земле, добывает руду или работает в шахте (от «кен» — руда). Тогда родоначальник Баякеновых мог быть горняком или рудокопом, а фамилия закрепила за его потомками ремесло.

Географически фамилия тяготеет к Казахстану и прилегающим регионам России (Оренбургская, Астраханская области). Встречается она редко — это не массовая фамилия, а скорее локальная, что подтверждает её происхождение от конкретного родового имени или прозвища, а не от названия профессии или места.

Любопытная деталь: в русской традиции фамилию могли записать с суффиксом -ов, но в казахской среде она могла бы выглядеть как Баякен (без окончания) или Баякенұлы («сын Баякена»). Значит, предки носителя фамилии, скорее всего, жили в смешанной среде и приняли русскую модель оформления фамилий, сохранив при этом тюркскую основу.