Фамилия Баякеев — редкий пример, где тюркская основа соединилась с русским патронимическим суффиксом, но не напрямую, а через казахскую или башкирскую фамильную модель. В этом её главная особенность.

Разберём по частям. Корень «Баяк» восходит к тюркскому имени Баяк (или Баякей). В основе, скорее всего, лежит слово «бай» — богатый, господин, уважаемый человек. Уменьшительно-ласкательный аффикс «-ак» (или «-ек») давал значение «маленький бай», «байчонок» — так в тюркской среде могли называть младшего сына или просто ласково обращаться к мальчику. Имя Баяк фиксируется у казахов, башкир и татар.

Далее идёт казахский фамильный суффикс «-ев». В русской традиции при записи фамилий окончание «-ев» стало стандартным для тюркских основ, оканчивающихся на согласный (как в фамилиях Ахметев, Муратов). Но в отличие от чисто русских фамилий на «-ев», где это окончание указывало на принадлежность отцу (чей сын?), в казахской среде «-ев» просто оформляло фамилию по отчеству или родовому имени. Таким образом, Баякеев буквально означает «потомок Баяка» или «из рода Баяка».

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «баяк» — так в некоторых говорах называли красную смородину или кислую ягоду. Но прозвищного происхождения от растения для этой фамилии почти не встречается, а вот имя Баяк — распространённое.

Географически фамилия Баякеев сосредоточена в Казахстане и прилегающих регионах России (Оренбургская, Астраханская области). Встречается она редко, что говорит о её локальном происхождении — вероятно, от одного родового корня. Сословно носители фамилии могли быть как простыми скотоводами, так и представителями родовой знати, если их предок действительно носил почётное прозвище «бай».