Фамилия Бакеев — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием скрывается корень совсем другого происхождения. Её основа, имя Бакый, восходит к арабскому слову baqy, что значит «твердый», «постоянный», «вечный». В мусульманской традиции это один из эпитетов, подчеркивающих неизменность и долговечность, поэтому имя было распространено в среде татар и башкир.

Однако история фамилии не ограничивается восточными корнями. В русской аристократической среде известен и другой вариант происхождения. Исследователь С. Веселовский в своих трудах упоминает Семена Федоровича Бакея — тверского боярина из рода князей Смоленских (ветви Фоминских). Уже в 1474 году его сыновья перешли на службу в Москву, и именно от этого боярского рода пошла фамилия Бакеевых. В этом случае прозвище Бакей могло быть образовано от тюркского baki («крепкий») или же быть формой канонического имени, но вплелось в русскую родословную через браки и службу при дворе.

Фамилия оформлена по стандартной русской модели с патронимическим суффиксом -ев (вариант -ов после мягкой основы). То есть Бакеев — буквально «сын Бакея». Такое окончание характерно для фамилий, возникших в центральных регионах России, в отличие от северных (-их/-ых) или украинских (-енко).

С точки зрения социального контекста, у фамилии две разные истории. Одна ведет к служилому боярству, вписавшемуся в московскую элиту XV века. Другая — к тюркским и татарским родам, где имя Бакый давалось как пожелание крепости духа и долгой жизни. Встретить Бакеева среди крестьян или купцов Поволжья так же вероятно, как среди потомков старомосковских дворян.